הזמן הוא המאה ה־18, אירופה על סף מלחמה נוספת, ומשפחת בנאדי היהודית־מרוקאית, סוחרי נמל אמידים מגיברלטר, שולחת את אחד מבניה לפתוח סניף בפורטסמות', אנגליה. היא מתמקמת היטב, עסקית וחברתית, אך תקרית אלימה מאלצת את בן הזקונים, סם, לעזוב בחטף את הבית בגיל שלוש עשרה בלבד, ולהצטרף אל הצי הבריטי. החוק מאלץ את סם בנאדי להסתיר את יהדותו. אך כישרונותיו יוצאי הדופן גורמים לו להדהים את כל מפקדיו ולטפס בסולם הדרגות בגיל צעיר. הוא מגיע ללחום תחת פיקודו של קפטן סר סידני סמית המהולל, ולהשתתף בהבסת נפוליאון בונפרטה בקרב על עכו. בין לבין, הוא פוגש בדמויות מרתקות במסעותיו המסעירים בים בין שלוש יבשות. מסעות שהם במידה רבה גם מסעות אל תוך עצמו, אל התגבשות יהדותו וייעודו בחיים.

היהודי והים אינו רומן היסטורי שגרתי. במשך שנים רבות צלל יוסי גונדה בים של ספרים, תעודות, מכתבים, נאומים ועוד מסמכים הקשורים לתקופה. הללו היו תשתית לכינון העלילה האפית המשתרעת על חצי עולם, ושזורים בה אירועים אמיתיים שחלקם עולים על כל דמיון. דרך הדמויות המובילות את העלילה אנו חווים באופן אותנטי ובלתי אמצעי את עידן האימפריות הימיות הגדולות, ואת מקומן המיוחד של המשפחות היהודיות, הספרדיות והאשכנזיות, שחיו ושגשגו בהן. התוצאה היא רומן פתלתל, עשיר ומלא הפתעות, המהווה גם מסמך היסטורי חזק ומעורר פליאה שמפיח חיים, הן בעולם הימי והן בעולם היהודי של פעם.