שנת הלימודים נפתחה וגיא נועם ורועי כבר בכיתה ט'. הם מנסים להתרגל שוב לשגרת בית הספר אחרי אירועי הקיץ האחרון במנהטן –הקיץ שבו פרצו למחשב של טרוריסט בינלאומי ומנעו פיגוע בקנה מידה אדיר יחד עם חנן שומרוני איש המוסד" שגייס אותם למשימה הסודית. ברור להם שהרפתקאות הריגול שלהם באו אל סופן. הרי המוסד לא מפעיל ילדים ומה הסיכוי שחנן יזדקק שוב דווקא לעזרתם? אבל אז מתגלה סוד אפל בעברהּ של נועם ובמקביל מדווחים בחדשות על פעולות מחרידות של ארגון ניאו-נאצי בגרמניה. שלושת הילדים מארחים ילדה גרמנייה שיש לה קצה חוט שיכול להוביל ישירות אל ראש הארגון והם מחליטים סופית: הם יֵצאו לברלין למבצע חשאי משלהם. גם חנן שומרוני ואיתו שאר אנשי המוסד ואנשי השירות החשאי הגרמני מנסים לפעול ללכידת מנהיג הארגון הניאו-נאצי. אבל המנהיג נעלם ולאף אחד אין מושג איך להתחיל לחפש אותו. כלומר לאף אחד חוץ מלילדים... מבצע ברלין הספר השני בסדרת שליחות חשאית מאת דנה אלעזר-הלוי מביא את שלישיית המרגלים הצעירים לשיאים של מתח תעוזה וסכנה. בתוך עולם מלא אכזריות וטירוף הם מגלים את כוחן של חברויות חדשות ולומדים להכיר טוב יותר את עצמם."